Ze względu na pełnioną funkcje w organizmie układ oddechowy jest najbardziej narażony na kontakt z patogenami środowiska zewnętrznego. Infekcje dróg oddechowych stanowią czwartą co do częstości występowania przyczynę konsultacji lekarskich.

W codziennym życiu drogi oddechowe narażone są w sposób ciągły na bezpośredni kontakt z organizmami chorobotwórczymi znajdującymi się we wdychanym powietrzu. Wdychane przez usta lub nos powietrze przedostaje się przez gardło, tchawicę oraz oskrzela do pęcherzyków płucnych. W stanie dobrego zdrowia organizm ludzki potrafi samodzielnie wytworzyć barierę przeciw organizmom chorobotwórczym. W warunkach sprzyjających, takich jak m.in. osłabienie lub wyziębienie organizmu oraz przy spadku odporności , często dochodzi do infekcji wywołanych przez drobnoustroje. Zakażenia dróg oddechowych mogą dotyczyć różnych odcinków i przebiegać z różnym nasileniem, od łagodnego przeziębienia do ciężkiego w przebiegu zapalenia płuc. Infekcje dróg oddechowych możemy podzielić na: zakażenia górnych dróg oddechowych (zapalenia gardła, migdałków, zapalenia ucha środkowego, zapalenia zatok przynosowych, zapalenia nagłośni i krtani) oraz zakażenia dolnych dróg oddechowych (zapalenia oskrzeli, oskrzelików i zapalenia płuc). Infekcje te mogą być wywołane przez różne czynniki etiologiczne: najczęściej są to wirusy (należące do rodzin: rhinowirusy, coronawirusy, adenowirusy, wirusy RS, enterowirusy i wirusy paragrypy i grypy) oraz bakterie (Streptococcus pneumonaieHaemophilus influenzae Mycoplasma pneumoniae). Wymienione patogeny zaburzają prawidłowe funkcjonowanie układu oddechowego, często w stopniu wymagającym leczenia szpitalnego. W skrajnych przypadkach zakażenie może prowadzić nawet do śmierci, szczególnie u osób o niskiej odporności (np. noworodki) oraz przy zbyt późnym włączaniu prawidłowego leczenia. Dlatego istotna jest szybka, czuła i wysoce specyficzna diagnostyka zakażeń układu oddechowego. Prawidłowa diagnoza umożliwia skrócenie czasu pobytu w szpitalu, obniżenie kosztów leczenia oraz pozwoliłaby uniknąć niepotrzebnej antybiotykoterapii. Genetyczna diagnostyka infekcji dróg oddechowych pozwala na rozpoznanie czynnika chorobotwórczego na bardzo wczesnym etapie rozwoju choroby. Możliwe jest zatem szybkie zastosowanie specyficznego leczenia. Ilościowe oznaczenia pozwalają ponadto na monitorowanie przebiegu i skuteczności zastosowanego leczenia.